Edmond Fleg ist der Sohn des elsässischen Kaufmanns Maurice Flegenheimer und der aus Lyon gebürtigen Clara Nordmann. Er kam am 26. November 1874 in Genf zur Welt und durchlebte eine streng jüdische Kindheit. Auch musikalisch hoch begabt und Absolvent des Genfer Conservatoire, besuchte Fleg das Collège de Genève und ab 1892 das Pariser Lycée Louis-le-Grand und studierte an der École normale supérieure deutsche Sprache und Literatur.